Pelaksanaan proses belajar mengajar di Pondok Pesantren Trubus Iman berpedoman pada tiga sistem kurikulum yang saling terintegrasi. Ketiga kurikulum tersebut adalah sebagai berikut:
- Kurikulum Kementerian Agama, yaitu kurikulum yang telah ditetapkan pemerintah melalui edaran Kementerian Agama Republik Indonesia.
- Kulliyatu al-Mu’allimin al-Islamiyah (KMI), adalah Sekolah Pendidikan Guru Islam yang modelnya hampir sama dengan Sekolah Islam di Padang Panjang dan saat ini digunakan diberbagai Pondok Pesantren Moder, salah satu pelopor utamanya adalah Pondok Modern Gontor Ponorogo. Model ini kemudian dipadukan dengan model kurikulum Kementeria Agama.
- Program Takhassus Tahfidz al-Qur’an, yaitu progam menghafal al-Qur’an 30 juz. Program ini dijalankan melalui proses seleksi khusus yang telah ditentukan syarat dan peraturannya oleh Pesantren Trubus Iman. Namun pun demikian, santri-santri yang tidak mengikuti program khusus ini tetap mendapat bimbingan dari Ustadz Hafidz dan Hafidzah sesuai dengan kemampuannya masing-masing.