Lembaga Amil Zakat, Infaq, Sedekah dan Wakaf Trubus Charity, dan Institut Teknologi dan Bisnis Islam (ITBI) yang saat ini dalam proses perizinan.
Nilai-nilai pendidikan dan falsafah Pondok Pesantren Trubus Iman menjadi acuan dalam sistem manajemen pesantren wakaf, yaitu:
1. Dilaksanakan secara modern dengan falsafah ikhlas, cerdas, dan tangkas
2. Meliputi manajemen administratif, operasional, personalia dan edukatif
3. Berorientasi pada upaya pelaksanaan tugas, pencapaian hasil, serta pengembangan dan pengamalannya (task and achievement oriented).

Agar manajemen berjalan secara optimal, efektif, dan efisien, Pondok Pesantren Trubus Iman menerapkan beberapa strategi sebagai berikut:
1. Keterbukaan (open management)
Tidak ada yang dirahasiakan di Pondok Pesantren Trubus Iman, kecuali hal-hal yang bersifat sensitive dan sakral. Namun secara umum seluruh kebijakan diterangkan mengapa demikian, kenapa harus dilarang, bagaiman pengelolaan keuangan, sumbernya darimana, untuk apa dipergunakan, dan apa program-program pondok di masa mendatang. Open management ala Pondok Pesantren Trubus Iman memiliki prinsip “keterbukaan yes, intervensi no”. Artinya, semua informasi yang perlu disampaikan secara umum akan dipublikasikan seperlunya sesuai dengan tujuan.

Terbuka bukan berarti buka-bukaan, tapi terbuka untuk berkomunikasi dengan siapa saja, bekerjasama tanpa ikatan kepada semua pihak untuk kebaikan, bersinergi dengan lembaga dan institusi lainnya dalam membangun kebersamaan. Anti intervensi dan campur tangan, artinya Pondok Pesantren Trubus Iman memiliki wilayah privasi, punya kehormatan diri, tidak mau di obok-obok oleh pihak luar yang belum tentu memahami nilai-nilai dan jiwa Pondok Pesantren Trubus Iman.
Penerapan sistem open management memberikan keuntungan-keuntungan antara lain:
a. Dipahami oleh orang/pihak lain
b. Mendapat kepercayaan dari pihak lain
c. Terhindar dari fitnah dan salah paham
d. Keterbukaan di Pondok Pesantren Trubus Iman dapat dilihat dari transparansi laporan.

2. Kejujuran
Keberhasilan pendidikan pesantren juga ditentukan oleh kejujuran dari personil yang terkait dalam pesantren tersebut. Karena dengan berasaskan pada kejujuran ini, kecurangan, kebohongan, korupsi dan sebagainya dapat dihindari.

3. Kesungguhan
Merupakan kewajiban manusia dalam menuju kesuksesan adalah usaha dengan sekuat tenaga atau kalau perlu sampai tingkat mujahadah. Demikian pula dalam mengelola pesantren diperlukan kesungguhan. Pondok Pesantren Trubus Iman mengajarkan dan menanamkan nilai “man jadda wajada” (barang siapa bersungguh-sungguh ia akan sukses) dalam mengelola kehidupan santrinya. Hakekatnya adalah mengajarkan hidup dan arti kehidupan. Namun usaha ini tanpa melupakan usaha batin yaitu berdo’a kepada Allah SWT. Karena usaha merupakan kewajiban, adapun hasilnya Allah SWT yang menentukan.

وَٱلَّذِينَ جَٰهَدُواْ فِينَا لَنَهۡدِيَنَّهُمۡ سُبُلَنَاۚ وَإِنَّ ٱللَّهَ لَمَعَ ٱلۡمُحۡسِنِينَ

Artinya: “Dan orang-orang yang berjihad untuk (mencari keridhaan) Kami, benar-benar akan Kami tunjukkan kepada mereka jalan-jalan Kami. Dan sesungguhnya Allah benar-benar beserta orang-orang yang berbuat baik”.
Akumulasi dari kesungguhan ini menumbuhkan pesan berkerja keras, berpikir keras, bersabar keras dan berdoa keras. Artinya selalu bersungguh-sungguh dalam bekerja, berfikir, besabar dan berdo’a dengan menyerahkan hasil usaha kita seluruhnya kepada Allah SWT.

4. Dilandasi oleh panca jiwa pesantren, motto dan falsafah hidup
Kehidupan dalam pesantren dijiwai oleh panca jiwa (keikhlasan, kesederhanaan, berdikari, ukhuwah islamiyah, dan kebebasan) dengan tetap berpegang teguh pada motto pesantren (berbudi tinggi, berbadan sehat, berpengetahuan luas dan berpikiran bebas). Serta dalam mengatur kehidupan santri selama 24 jam, Pondok Pesantren Trubus Iman menanamkan falsafah-falsafah hidup, yang dapat dikategorikan dalam falsafah kelembagaan, falsafah kependidikan dan falsafah pembelajaran sebagaimana penjelasan di atas.

5. Mengutamakan pendekatan manusiawi, pendekatan program dan idealisme
a. Pendekatan manusiawi
Kiai dalam mengatur dan mengayomi guru dan santri hendaknya menggunakan pendekatan manusiawi. Guru dan santri memiliki kebutuhan-kebutuhan sebagaimana layaknya manusia berupa kebutuhan-kebutuhan psikologis, rasa aman, sosial, penghargaan dan aktualisasi diri. Hal ini disebut sebagai pendidikan memanusiakan manusia.

b. Pendekatan program
Sebagai pemimpin pesantren, kiai hendaknya memiliki program-program yang jelas, baik program jangka panjang, menengah atau jangka pendek. Dengan adanya program ini kiai dapat mendelegasikan tugas kepada pihak lain dengan jelas. Selain itu kiai juga memberikan arahan tentang strategi-strategi yang dapat digunakan untuk mencapai program-program tersebut.

c. Pendekatan idealisme
Seorang Kiai harus memiliki keahlian yang sesuai dengan idealisme pesantren dalam mengatur seluruh SDM pesantren. Penerima tugas-tugas kiai akan mengerjakan tugas berdasarkan idealisme yang diajarkan kepadanya, tidak bekerja asal-asalan.
Kemudian, dalam konsep pengembangan pesantren, rumusan dasar yang dipergunakan pimpinan mengacu pada Panca Jangka. Rumusan ini memberikan arahan dan panduan dalam pengembangan asset wakaf. Panca Jangka tersebut meliputi pendidikan dan pengajaran, kaderisasi, pergedungan, khizanatullah (pendanaan) dan kesejahteraan keluarga.